Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11400/4894
Title: Παραμετρική ηλεκτροφόρηση στατικού πεδίου τμημάτων DNA σε πήκτωμα αγαρόζης μεταβλητής συγκέντρωσης και εξατομικευμένα κριτήρια καταλληλότητας
Variable concentration of agarose gels and distinct applicability criteria
Authors: Ζαχαρίου, Αγγελική
Πανδής, Σπυρίδων
Βελεγράκη, Αριστέα
Καμπούρης, Μανούσος Ε.
Item type: Conference publication
Keywords: Ηλεκτροφόρηση πηκτώματος αγαρόζης;Διακριτική ισχύς;Πρότυπη καμπύλη;Κινητικότητα ζωνών DNA;Agarose gel electrophoresis;Standard curve;DNA mobility;Discriminatory power
Subjects: Science
Biology
Επιστήμες
Βιολογία
Issue Date: 28-Jan-2015
2009
Date of availability: 27-Jan-2015
Publisher: Νερατζής, Ηλίας
Σιανούδης, Ιωάννης
Abstract: Σκοπός του πειράματος ήταν να μελετηθεί η Διακριτική Ικανότητα και λοιπές λειτουργικές παράμετροι πηκτωμάτων αγαρόζης τυπικών ηλεκτροφορητικών εφαρμογών διαφόρων συγκεντρώσεων με βάση εργαστηριακά ευρήματα και αποτελέσματα και να γίνει μια τεκμηριωμένη κατηγοριοποίηση αυτών ανάλογα με την ικανότητά τους να διαχωρίζουν θραύσματα DNA διαφόρων μεγεθών με αναλυτική επάρκεια. Στο πείραμα χρησιμοποιήθηκαν πηκτώματα αγαρόζης σε ΤΒΕ συγκέντρωσης 0,5%, 0,8%, 1,2%, 1,6%, 2%, 2,5%, 3% και 3,5% και σε αυτά ηλεκτροφορήθηκαν δείγματα DNA από PCR μυκητολογικών εφαρμογών τυχαίας διαλογής και πρότυπος ενδείκτης μοριακών μεγεθών κλιμακούμενου βήματος 100 ζευγών βάσεων. Η κάθε ηλεκτροφόρηση ήταν κανονικοποιημένη με βάση την άφιξη της ταχείας χρωστικής του διαλύματος φόρτωσης στο άκρο του πηκτώματος. Τα πηκτώματα φωτογραφήθηκαν και, χρησιμοποιώντας τυπικά λογισμικά εργαλεία ευρείας χρήσης σε ηλεκτρονικούς υπολογιστές (Microsoft Excel, Microsoft Word) καταρτίστηκαν πρότυπες καμπύλες κινητικότητας-μεγέθους ζωνών ανά πήκτωμα και προέκυψαν διαγράμματα μεταβολής ηλεκτροφορητικών ιδιοτήτων σε συνάρτηση με τη συγκέντρωση. Ειδικότερα εξετάστηκε το κατά πόσο υπήρξε ισοταχής μετανάστευση κάποιων ζωνών του ενδείκτη με κάποια από τις χρωστικές του διαλύματος φόρτωσης καθώς και η Διακριτική Ικανότητα και το Εύρος Ένδειξης κάθε πηκτώματος, αλλά και άλλων συναρτημένων μεγεθών και παραμέτρων που ορίστηκαν. Βάσει των συμπερασμάτων προτείνεται η χρήση διαφορετικής συγκέντρωσης πηκτωμάτων ανάλογα με την εφαρμογή και το αναμενόμενο, προβλεπόμενο ή γνωστό μέγεθος τμημάτων που θα ηλεκτροφορηθούν.
The purpose of this experiment was to study the discriminatory capacity and other functional parameters of varying agarose gel concentrations, and to create a documented classification according to concentration and ability to separate DNA fragments of various sizes with analytical efficiency. The experiment utilized agarose-TBE gels at concentrations of 0.5%, 0.8%, 1.2%, 1.6%, 2%, 2.5%, 3% and 3.5%. Electrophoresis was performed using randomly selected amplicons from fungal PCR reactions and a molecular marker (100-bp DNA ladder). Each electrophoresis was normalized to the migrating first loading buffer dye, bromophenol blue, reaching the bottom of the gel. The gels were photographed and widely available computer software tools (Microsoft Excel, Microsoft Word) were utilized to compile mobility - band size standard curves for each gel and resulted in charts indicating the alteration of electrophoretic properties in correlation with concentration. Specifically, the co-migration of DNA ladder bands and the loading buffer dyes was examined, and the Discriminatory Power, the Resolution Spectrum, and other correlated measurements and parameters were defined, calculated for each gel, and plotted for the whole gel range. Based on the results, we suggest the use of varying gel concentrations, according to the application sought and the prospective, expected or known fragment size to undergo electrophoresis.
Language: Greek
Citation: Ζαχαρίου, Α., Πανδής, Σ., Βελεγράκη, Α. και Καμπούρης, Μ.Ε. (2009). Παραμετρική ηλεκτροφόρηση στατικού πεδίου τμημάτων DNA σε πήκτωμα αγαρόζης μεταβλητής συγκέντρωσης και εξατομικευμένα κριτήρια καταλληλότητας. "e-Περιοδικό Επιστήμης & Τεχνολογίας". [Online] 4(2): 13-24. Διαθέσιμο από: http://e-jst.teiath.gr/
Journal: e-Περιοδικό Επιστήμης & Τεχνολογίας
e-Journal of Science & Technology
Type of Journal: With a review process (peer review)
Access scheme: Publicly accessible
License: Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ηνωμένες Πολιτείες
URI: http://hdl.handle.net/11400/4894
Appears in Collections:Τόμος 04, τεύχος 2 (2009)

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Zachariou_11.pdf547.5 kBAdobe PDFView/Open


This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons