Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11400/4997
Title: Staged oligonucleotide design, compilation and quality control procedures for multiple SNP genotyping by Multiplex PCR and Single Base Extension Microarray format
Authors: Καμπούρης, Μανούσος Ε.
Item type: Conference publication
Keywords: Human genomic loci;Γονιδιακοί τόποι ανθρώπου;Oligonucleotide design;Multiplex PCR;Single Base Extension;DNA microarray;QC assaying;Σχεδιασμός ολιγονουκλεοτιδίου;Ενιαία βάση επέκτασης;Μικροσυστοιχίες DNA
Subjects: Science
Biology
Επιστήμες
Βιολογία
Issue Date: 29-Jan-2015
2009
Date of availability: 29-Jan-2015
Publisher: Νερατζής, Ηλίας
Σιανούδης, Ιωάννης
Abstract: Η αξία των μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNP) ως δεικτών σε διάφορες μελέτες δεν εξαρτάται μόνο από τον απόλυτο αριθμό τους, αλλά και από το πολυπλοκότερο κριτήριο της διαθεσιμότητάς τους. Για κάθε δεδομένη μελέτη πρέπει να υπάρχουν αρκετοί SNP σε κατάλληλες θέσεις και ικανοποιώντες συγκεκριμένα γενικά κριτήρια καταλληλότητας. Η εφικτότητα της μελέτης εξαρτάται από την δυνατότητα αντικατάστασης των γενετικών δεικτών ώστε ο αριθμός τους να παραμένει σταθερός σε κάθε στάδιο της ακολουθούμενης πειραματικής διαδικασίας κατά την ανάπτυξη της συνολικής μεθοδολογίας. Επιχειρήσαμε μια πειραματική εξομοίωση, όπου καθορίστηκε αριθμός κριτηρίων για τον αριθμό και τις επιθυμητές ιδιότητες SNP που απαιτούνταν για μια υποθετική μελέτη και προχωρήσαμε στην επιλογή SNP και στη σχεδίαση εναρκτών δια λογισμικού για κάθε έναν εξ’ αυτών. Ο καθοριστικός παράγων ήταν η καταλληλότητα των εναρκτών για πολυπλεκτική PCR. Τα διορθωτικά βήματα της ακολουθούμενης διαδικασίας επιλογής και οι ενημερώσεις του λογισμικού επέφεραν αποτελεσματικότητα των σχεδιαζόμενων εναρκτών της τάξης του 98,6%, καθώς 148 ζεύγη εναρκτών σχεδιάστηκαν ικανοποιώντας τις απαιτήσεις για πολυπλεκτικές PCR και ελέγχθηκαν επιτυχώς σε μονοπλεκτικές αντιδράσεις ποιοτικού ελέγχου, έναντι αρχικής απαίτησης για 150.
The value of the SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) as markers in various studies depends on their absolute numbers, but also on the more complicated issue of their availability. For any given study there must be enough SNPs suitably placed and satisfying specific generic qualitative criteria. The feasibility of a study depends on the ability to replace and keep the number of marker loci reasonably stable at each phase of the selected experimental procedures during the development of the overall methodology. We embarked on an experimental simulation, where we specified a series of criteria for the number and qualities of SNPs needed for a hypothetical study and proceeded to SNP selection and computerized primer design for each SNP locus. The decisive factor was the applicability of the primers in multiplex PCR format. The editing steps and software upgrades of the adopted selection procedure resulted in 98.6% primer efficiency. A total of 148 primer pairs were designed fulfilling multiplex PCR specifications, which were also effective in simplex quality control PCR assays against a start-up number of 150.
Language: English
Citation: Kambouris, M.E. (2009). Staged oligonucleotide design, compilation and quality control procedures for multiple SNP genotyping by Multiplex PCR and Single Base Extension Microarray format. "e-Journal of Science & Technology". [Online] 4(4): 21-40. Available from: http://e-jst.teiath.gr/
Journal: e-Περιοδικό Επιστήμης & Τεχνολογίας
e-Journal of Science & Technology
Type of Journal: With a review process (peer review)
Access scheme: Publicly accessible
License: Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ηνωμένες Πολιτείες
URI: http://hdl.handle.net/11400/4997
Appears in Collections:Τόμος 04, τεύχος 4 (2009)

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Kambouris_13.pdf325.79 kBAdobe PDFView/Open


This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons